Le site connu localement sous le nom de Skałka, un monastère fonctionnel et un sanctuaire religieux, remonte aux premiers jours du royaume polonais. En 1079, le roi Bolesław Śmiały (Boleslas le Téméraire) fit décapiter l'évêque Stanisław Szczepanowski, déclaré plus tard saint patron polonais, à cet endroit à côté de l'autel, dont le tronc d'arbre subsiste encore. Le style baroque de la conception de l'église découle d'une rénovation au milieu du XVIIIe siècle. La crypte (fermée de décembre à février) abrite les restes de plusieurs personnages illustres, dont le poète lauréat du prix Nobel Czesław Miłosz (1911-2004).