Miejsce zwane lokalnie Skałką, funkcjonujący klasztor i sanktuarium, pochodzi z początków Królestwa Polskiego. W 1079 roku król Bolesław Śmiały kazał ściąć w tym miejscu obok ołtarza biskupa Stanisława Szczepanowskiego, ogłoszonego później patronem Polski, z którego pień drzewa zachował się do dziś. Barokowy styl wystroju kościoła wywodzi się z przebudowy z połowy XVIII wieku. W krypcie (zamkniętej od grudnia do lutego) znajdują się szczątki kilku znamienitych postaci, w tym noblisty poety Czesława Miłosza (1911-2004).