Lokalizacja tego XII-wiecznego kościoła została wyznaczona przez woły, które przywiozły z Rzymu szczątki św. Floriana. Ponieważ zwierzęta nie chciały ruszyć się dalej, uznano to za znak boskiej opatrzności. W 1582 roku, mimo pożaru niszczącego miasto, kościół nadal stał. Dzięki temu św. Florian jest odtąd patronem Krakowa i strażaków.